Memulai karier profesional pada 1999, nama Christoph Metzelder perlahan mulai menanjak saat memperkuat Borussia Dortmund setahun berselang.
Selama periode 2000-2007, Metzelder tercatat menjalani 158 penampilan bersama tim Jerman yang identik dengan warna Hitam-Kuning itu.
Bersama Borussia Dortmund pula, Christoph Metzelder mampu tampil moncer sehingga di panggil ke Timnas Jerman untuk ajang Piala Dunia 2002 dan 2006.
Setelah enam musim memperkuat Die Borrusen, Metzelder mencoba peruntungan ke Spanyol dengan memperkuat Real Madrid.