Posisi belum berubah banyak, namun menyisakan 3 menit terakhir, Quartararo mulai diikuti Aleix Espargaro (Aprilia).
Meski begitu tidak ada perubahan berarti pada Run 2 Q2 ini, posisi puncak masih dikuasai Fabio Quartararo.
Hanya saja pada 60 detik menjelang akhir Q2, Jack Miller melakukan sukses merebut posisi ketiga dari Nakagami.
Di flying lap, Fabio Quartararo semakin menggila, ia sukses membukukan poile position dengan catatan waktu lebih cepat yakni 1 menit 36,755 detik.
Francesco Bagnaia (Ducati) juga berhasil memperbaiki posisinya, ia melesat ke posisi 4.
Berikut hasil kualifikasi MotoGP Spanyol 2021, Sabtu (1/5/2021).
| POS. | PEMBALAP | NEGARA | TIM |
| 1 | Fabio Quartararo | FRA | Monster Yamaha (YZR-M1) |
| 2 | Franco Morbidelli | ITA | Petronas Yamaha (YZR-M1) |
| 3 | Jack Miller | AUS | Ducati Team (GP21) |
| 4 | Francesco Bagnaia | ITA | Ducati Team (GP21) |
| 5 | Takaaki Nakagami | JPN | LCR Honda (RC213V) |
| 6 | Johann Zarco | FRA | Pramac Ducati (GP21) |
| 7 | Maverick Viñales | SPA | Monster Yamaha (YZR-M1) |
| 8 | Aleix Espargaro | ITA | Aprilia Gresini (RS-GP) |
| 9 | Alex Rins | SPA | Suzuki Ecstar (GSX-RR) |
| 10 | Joan Mir | SPA | Suzuki Ecstar (GSX-RR) |
| 11 | Brad Binder | RSA | Red Bull KTM (RC16) |
| 12 | Stefan Bradl | GER | HRC (RC213V) |
| 13 | Pol Espargaro | SPA | Repsol Honda (RC213V) |
| 14 | Marc Marquez | SPA | Repsol Honda (RC213V) |
| 15 | Enea Bastianini | ITA | Avintia Ducati (GP19) |
| 16 | Miguel Oliveira | POR | Red Bull KTM (RC16) |
| 17 | Valentino Rossi | ITA | Petronas Yamaha (YZR-M1) |
| 18 | Luca Marini | ITA | VR46 Avintia Ducati (GP19) |
| 19 | Danilo Petrucci | ITA | KTM Tech3 (RC16) |
| 20 | Alex Marquez | SPA | LCR Honda (RC213V) |
| 21 | Iker Lecuona | SPA | KTM Tech3 (RC16) |
| 22 | Lorenzo Savadori | ITA | Aprilia Gresini (RS-GP) |
| 23 | Tito Rabat | SPA | Pramac Ducati (GP21) |