Fabio Quartararo masih terus mencari wkatu terbaiknya, namun dua percobaan masih belum memberikan hasil lebih baik dari milik Vinales. Quartararo masih tertahan di posisi kedua.
Memasuki 22 menit terakhir, Vinales mendapat box call dan segera memasuki pit lane menuju paddock.
Fabio Quartararo dan Aleix Espargaro juga memasuki pit lane.
Perjuangan Alex Rins akhirnya berbuah bagus setelah ia mampu mencatatkan waktu lebih cepat dan menembus posisi keempat.
Rins mengasapi Bagnaia yang terlempar ke posisi lima.
Memasuki run kedua, Aleix Espargaro dan Fabio Quartararo telah memasuki kembali sirkuit Assen.
Aleix Espargaro sukses merebut posisi Vinales dengan 1 menit 32,518.
Ini pertama kalinya Aleix Espargaro mampu turut mencatatkan waktu 1 menit 32 detik setelah Vinales dan Quartararo.
Enea Bastianini mengalami crash di T7, yellow flag dikibarkan pada sektor 2 dan 3.
Crash tersebut terjadi tak lama setelah ia mampu menembus posisi lima besar.
Kejutan datang di 10 menit terakhir ketika Marco Bezzecchi dan Johann Zarco ikut melesat di posisi kedua dan ketiga.
Ditambah lagi Alex Rins yang merebut posisi kedua.
Vinales kembali menyingkirkan Aleix dari posisi pertama, ia sukses mencatatkan waktu 1 menit 32,4 detik.
Aleix Espargaro kembali tak mau kalah dengan 1 menit 32,164 detik.
Fabio Quartararo yang semoat terlemoar di posisi kelima tampil lebih meggila. Ia mencatatkan 1 menit 32,205 dan melesat ke posisi kedua.
Vinales yang berada di posis ketiga harus kembali turun setelah Bagnaia mencatatkan 1 menit 32,440 detik.
Memasuki 5 menit terakhir, persaingan di FP3 semain sengit. Dua pembalap harus apes, Johann Zarco dan Fabio Di Giannatonio kecelakaan di T7 dan T5. Sektor 1, 2 dan 3 mendapat yellow flag.
Drama semakin menjadi ketika Aleix Espargaro juga turut menjadi korban saat ia kecelakaan di T3 ketika ia sudah hampir meneyelesaikan lap terakhirnya.
Beruntung hingga FP3 berakhir, tidak ada yang mampu menyereboto waktu Aleix di posisi terdepan.
Posisi kedua dan ketiga dihuni Fabio Quartararo dan Maverick Vinales.
Francesco Bagnaia terlempar dari posisi lima besar, ia terdesak oleh Alex Rins, Takaaki Nakagami dan Marco Bezzecchi.
| POS | PEMBALAP | TIM | WAKTU/GAP |
| 1 | Aleix Espargaro | Aprilia Racing (RS-GP) | 1'32.164s |
| 2 | Fabio Quartararo | Monster Yamaha (YZR-M1) | +0.041s |
| 3 | Alex Rins | Suzuki Ecstar (GSX-RR) | +0.156s |
| 4 | Takaaki Nakagami | LCR Honda (RC213V) | +0.191s |
| 5 | Marco Bezzecchi | Mooney VR46 Ducati (GP21)* | +0.218s |
| 6 | Francesco Bagnaia | Ducati Lenovo (GP22) | +0.276s |
| 7 | Maverick Viñales | Aprilia Racing (RS-GP) | +0.323s |
| 8 | Jorge Martin | Pramac Ducati (GP22) | +0.428s |
| 9 | Johann Zarco | Pramac Ducati (GP22) | +0.562s |
| 10 | Jack Miller | Ducati Lenovo (GP22) | +0.714s |
| 11 | Joan Mir | Suzuki Ecstar (GSX-RR) | +0.798s |
| 12 | Fabio Di Giannantonio | Gresini Ducati (GP21)* | +0.835s |
| 13 | Franco Morbidelli | Monster Yamaha (YZR-M1) | +0.872s |
| 14 | Brad Binder | Red Bull KTM (RC16) | +0.964s |
| 15 | Miguel Oliveira | Red Bull KTM (RC16) | +0.984s |
| 16 | Luca Marini | Mooney VR46 Ducati (GP22) | +1.013s |
| 17 | Enea Bastianini | Gresini Ducati (GP21) | +1.097s |
| 18 | Lorenzo Savadori | Aprilia Racing (RS-GP) | +1.117s |
| 19 | Andrea Dovizioso | WithU Yamaha RNF (YZR-M1) | +1.182s |
| 20 | Alex Marquez | LCR Honda (RC213V) | +1.441s |
| 21 | Remy Gardner | KTM Tech3 (RC16)* | +1.475s |
| 22 | Stefan Bradl | Repsol Honda (RC213V) | +2.016s |
| 23 | Raul Fernandez | KTM Tech3 (RC16)* | +2.459s |
| 24 | Darryn Binder | WithU Yamaha RNF (YZR-M1)* | +2.793s |
10 pembalap teratas dipastikan langsung lolos Q2 pada babak kualifikasi Sabtu malam nanti.
Pada balapan Minggu besok, Franco Morbidelli dipastikan akan menjalani long lap penalty akibat kesalahan menghalangi jalur pembalap lain di FP2.