Kembali ke FP3, semua mulai berubah menjelang 5 menit terakhir sesi FP3. Fabio Quartararo sejatinya akhirnya berhasil menmbus posisi ke-10.
Sayangnya beberapa detik kemudian, ia tergusur oleh Danilo Petrucci (KTM Tech3).
Quartararo makin menurun ke posisi 15. Tetapi kemudian, Francesco Bagnaia ternyata juga turut menyusul Quartararo.
Bagnaia secara mengejutkan justru keluar dari 10 besar dan dipastikan gagal masuk ke Q2 langsung. Hal ini mungkin bisa membuat El Diablo sedikit lega.
Meski begitu, buruknya hasil di FP1, FP2, FP3 tentu membuat posisi Fabio Quartararo harus menjalani Q2 lebih dulu pada sesi kualifikasi MotoGP Emilia Romagna 2021 nanti.
Pada akhirnya baik Quartararo maupun Bagnaia tidak bisa otomatis menjalani sesi kualifikasi Q2 langsung.
Mereka akan berjuang lebih dulu di Q1 untuk merebut posisi ke-11 dan 12 untuk bergabung memperebutkan posisi start terbaik di 10 besar pada sesi Q2.
| POS. | PEMBALAP | TIM | WAKTU/GAP |
| 1 | Johann Zarco | Pramac Ducati (GP21) | 1'40.384s |
| 2 | Jorge Martin | Pramac Ducati (GP21)* | +0.087s |
| 3 | Jack Miller | Ducati Team (GP21) | +0.136s |
| 4 | Miguel Oliveira | Red Bull KTM (RC16) | +0.448s |
| 5 | Marc Marquez | Repsol Honda (RC213V) | +0.471s |
| 6 | Pol Espargaro | Repsol Honda (RC213V) | +0.541s |
| 7 | Franco Morbidelli | Monster Yamaha (YZR-M1) | +0.558s |
| 8 | Aleix Espargaro | Aprilia Gresini (RS-GP) | +0.580s |
| 9 | Danilo Petrucci | KTM Tech3 (RC16) | +0.583s |
| 10 | Luca Marini | Sky VR46 Avintia Ducati (GP19)* | +0.601s |
| 11 | Francesco Bagnaia | Ducati Team (GP21) | +0.737s |
| 12 | Joan Mir | Suzuki Ecstar (GSX-RR) | +0.745s |
| 13 | Michele Pirro | Ducati Team (GP21) | +0.784s |
| 14 | Iker Lecuona | KTM Tech3 (RC16) | +0.852s |
| 15 | Fabio Quartararo | Monster Yamaha (YZR-M1) | +0.891s |
| 16 | Brad Binder | Red Bull KTM (RC16) | +1.101s |
| 17 | Maverick Viñales | Aprilia Gresini (RS-GP) | +1.154s |
| 18 | Enea Bastianini | Avintia Ducati (GP19)* | +1.407s |
| 19 | Alex Marquez | LCR Honda (RC213V) | +1.492s |
| 20 | Takaaki Nakagami | LCR Honda (RC213V) | +1.504s |
| 21 | Alex Rins | Suzuki Ecstar (GSX-RR) | +1.639s |
| 22 | Andrea Dovizioso | Petronas Yamaha (YZR-M1) | +1.867s |
| 23 | Valentino Rossi | Petronas Yamaha (YZR-M1) | +2.217s |
| 24 | Lorenzo Savadori | Aprilia Gresini (RS-GP)* | No Time |
*pembalap finis di posisi 1-10 akan langsung menjalani kualifikasi Q2
**pembalap rookie