Hubungan Rossi dengan Honda memang sempat memanas pada akhir 2003. Rossi bisa dikatakan telah membuat Honda sakit hati bertahun-tahun lamanya.
Hal itu dipicu keputusan Rossi yang pindah ke Yamaha di musim 2004. Padahal di periode tersebut, pabrikan Yamaha sedang terpuruk dan terbilang masih di bawah level Honda.
Namun demikian, fakta terkuak bahwa Rossi memilih hengkang dari Honda karena merasa kurang dihargai para petinggi Honda saat itu yang 'mendewakan' motor NSR500 mereka.
Sebagai pembuktian diri, The Doctor mencari tantangan baru dan memilih Yamaha, yang ternyata langsung membuat Honda 'mati kutu'.
Mantan pembalap ikonik 46 itu bahkan langsung juara dunia dua kali beruntun pada 2004 dan 2005 bersama Yamaha dan dilanjutkan kembali juara pada 2008 dan 2009.